Компания была образована в 1997 году указом Президента Республики Казахстан в качестве национального оператора Республики Казахстан по импорту–экспорту урана, редких металлов, ядерного топлива для атомных электрических станций.

С момента своего создания Казатомпром строго придерживался принципов безопасного, надежного и мирного использования атомной энергии, осуществляя поставки добытого урана и произведенной из него продукции только при условии предоставления гарантий об использовании продукции Компании исключительно в мирных целях.